按作用机制可分为氧化性杀菌剂与非氧化性杀菌剂，实际应用中常交替使用以避免菌藻产生抗药性：

　　1. 氧化性杀菌剂：以稳定性二氧化氯（ClO₂）、优氯净为代表，杀菌范围广、速度快。二氧化氯不致癌、无残留，不仅能杀灭细菌、真菌，还能灭活病毒，不受pH值影响，适合化肥厂等复杂水质；优氯净易溶于水，20ppm浓度下杀菌率达99%，稳定性强，120℃以下不易变质，广泛用于循环水、游泳池消毒，夏季每2-3天投加15-20ppm即可维持效果。

　　2. 非氧化性杀菌剂：包括十二烷基二甲基苄基氯化铵（1227）、聚季铵盐、异噻唑啉酮等，针对性强、不易受还原物质影响。1227作为阳离子表面活性剂，对硫酸盐还原菌特效，兼具粘泥剥离、除臭功能；异噻唑啉酮通过破坏微生物蛋白质键起效，广谱高效、低毒易降解，高剂量下可强力剥离粘泥，适配油田、造纸等多行业；聚季铵盐对大肠杆菌杀灭效果显著，同时可作为柔软剂、抗静电剂使用。